Муксун — это не огромная река, но важная часть водной системы плато. Она берёт начало в горах, собирает талые воды, спускается по каньонам, впадает в более крупные водоёмы, питая их своим холодным течением. Интересной особенностью является то, что в Муксун впадает приток под названием Дынкенгда, известный съемками фильма «Территория», — подтверждение того, что природа этих мест служит не только географическим, но и художественным фоном.
Характер течения Муксуна зависит от сезона. Весной и в начале лета, когда снег на плато активно тает, река набирает мощь, её воды бурлят по узким ущельям, перенося внизу глыбы льда и обломки камней. Летом течение стабилизируется, но остаётся быстрым, холодным, прозрачным, отражая весь спектр синего неба над плато. К осени, с понижением температуры, река замедляет ход, готовясь к долгой зимней паузе под многометровой толщей льда, которая продлится почти до следующего лета.
В отличие от коротких горных потоков, Муксун работает как связующее звено между водоёмами. Река соединяет два крупных путоранских озера — Собачье и Глубокое, образуя между ними прямой гидрологический коридор.
Озеро Собачье расположено выше по уровню. Муксун вытекает из него, а впадает в озеро Глубокое. Направление подчинено естественному уклону плато и строению озёрных котловин. Длина Муксуна составляет около 20–25 километров. На всём протяжении течение сравнительно спокойное, без выраженных горных склонов, с каменистыми берегами и участками расширения русла. Хотя река не относится к числу крупнейших по длине или водности, ее значение определяется положением внутри сложной водной структуры плато.
На Путорана вода не просто течёт, а формирует ландшафт. За тысячи лет она вырезала каньоны, создала перекаты, при этом сохранила естественный режим без влияния плотин, дамб или активной хозяйственной деятельности — редкость для современной России.